Khi thực dân Pháp đặt ách đô hộ cũng là lúc các giá trị văn hóa bản địa bị hủy hoại vì chiến tranh, bị kỳ thị về chủng tộc và cũng sẵn sàng bị loại bỏ vì những lợi ích thực dân. Đặc biệt là tại những nơi được chọn làm đô thị và được quy hoạch theo mô thức của các đô thị phương Tây như Sài Gòn, Hà Nội…

Thành Gia Định (1859) rồi thành Hà Nội (1894) bị phá hủy hầu như toàn bộ, không chỉ để biểu thị uy lực của chế độ thuộc địa đối với kiến trúc vốn được coi là biểu trưng quyền lực chính trị bản xứ. Việc phá bỏ đó còn được coi là giải pháp để tạo ra mặt bằng đáp ứng nhu cầu xây dựng và tài chính của chính quyền chiếm đóng. Các di tích tôn giáo hoặc tín ngưỡng cũng bị tàn phá, mà tiêu biểu là chùa Liên Trì kế bên hồ Hoàn Kiếm bị phá để xây một số công sở của chính quyền mới (như bưu điện)..

Nhưng sau khi đã áp đặt được chế độ thuộc địa trên toàn Đông Dương, mà với Bắc kỳ là chế độ "bảo hộ" (protectorat), thì người Pháp bắt đầu nhận ra sai lầm. Bởi chính sách "đồng hóa" - xóa bỏ triệt để văn hóa bản địa và áp đặt tuyệt đối nền văn hóa của kẻ chiếm đóng - không những không làm được, mà sẽ còn thất bại, như người Trung Hoa đã từng thất bại trong quá khứ. Chính quyền thực dân Pháp đã từng bước thay thế bằng chính sách "hợp tác" để sử dụng nguồn lực của người bản xứ - không chỉ về nhân lực, tài nguyên…mà cả văn hóa và tín ngưỡng bản địa - nhưng hướng vào những lợi ích thuộc địa.

Trong bối cảnh ấy, công trình đầu tiên được trùng tu ở Hà Nội lúc này đã là "thành phố nhượng địa" của Pháp (từ 1888) chính là đền Quán Thánh, bên bờ Hồ Tây. Nhưng điều đáng nói là cuộc trùng tu này do người dân bản xứ thực hiện diễn ra vào đúng năm người Pháp đang triển khai việc phá thành Hà Nội. Chủ trương phá thành được thông qua ngày 28/7/1893, khởi công ngày 10/8/1894 và hoàn tất vào năm 1897.

Đền Quán Thánh tương truyền được xây từ thời Lý, được trùng tu lớn vào thời Vĩnh Trị (thế kỷ XVII) và nổi tiếng hơn với một pho tượng đúc Huyền Thiên Trấn Vũ (1677) bằng "đồng đen" cao ngót 4m, nặng chừng 4 tấn (nên người Pháp sau này gọi là Pagode de Grand Boudha). Đến cuối thế kỷ XIX, đền bị xuống cấp nghiêm trọng, nên một số quan lại, nhân sĩ và các Phật tử đã đứng ra trùng tu theo tập quán vốn có trong xa hộitruyền thống… trong đó có vai trò của Tổng đốc Hoàng Cao Khải.

Báo chí đưa tin rằng đến dự lễ hoàn thành trùng tu được tổ chức long trọng ngày 7/1/1894 có mặt cả Toàn quyền Đông Dương Jean-Marie de Lanessan, người chủ trương phá thành Hà Nội. Mặc dầu việc phá thành vẫn tiếp diễn, nhưng chính việc chứng kiến khung cảnh và tâm trạng của người dân trong cuộc trùng tu đền Quán Thánh đã tác động vào giới cầm quyền thực dân trong chính sách đối với các di sản tôn giáo, tín ngưỡng của người bản địa…

Chỉ một năm sau, viên toàn quyền này về nước và người thay thế là Paul Armand Rousseau (1895), nhưng nhân vật này cũng chỉ tại vị được hơn một năm thì mắc bệnh rồi qua đời (10/12/1896). Đáng chú ý là trong tập album của Paul Armand Rousseau mà hơn một thế kỷ sau hậu duệ của ông mang sang Việt Nam cùng tạp chí Xưa&Nay tổ chức triển lãm tại Thư viện Quốc gia Hà Nội có những bức ảnh chụp việc trùng tu đền Quán Thánh. Điểm nhấn là lần đầu tiên bức tượng đồng Huyền Thiên Trấn Vũ được đưa ra khỏi hậu cung để chụp ảnh.

Đến 15/12/1898, Paul Doumer, viên toàn quyền hoạch định công cuộc khai thác thuộc địa đầu tiên đã ra nghị định thành lập Phái đoàn khảo cổ Đông Dương, tiền thân của Trường Viễn Đông Bác cổ (EFEO) chỉ ra đời sau đó ít lâu (1901). Họ khảo cứu, sưu tập và bảo tồn các giá trị văn hóa của thuộc địa và vùng Viễn Đông phù hợp với những mục tiêu của công cuộc khai thác thuộc địa và truyền thống vốn có của vền văn minh Pháp.

Ngày 24/11/1906, danh sách đầu tiên xếp hạng các di tích trên thành phố Hà Nội nhằm bảo tồn lâu dài được công bố. Danh sách có 7 di tích là bất động sản và 7 nhóm hiện vật. Các bất động sản gồm Văn Miếu, đền Quán Thánh, đền Ngọc Sơn, Ô Quan Chưởng, đền Hai Bà, đền Bạch Mã và chùa Một Cột. Các hiện vật gồm bia Đàn Nam Giao, 3 tấm bia chùa Hàm Long, tấm khắc đình Hoa Lộc (Hàng Đào), 4 phù điêu đền Lý Quốc Sư, khánh đồng chùa Hòe Nhai. Đôi phượng gỗ đình Đồng Tâm (phố Huế) và đôi rùa đội hạc chùa Hội đồng (trong Bách Thảo)…Cho đến năm 1938, EFEO đã lập được một danh sách 1.256 công trình được xếp hạng trên toàn Đông Dương…